|
|
World travellers: phylogeny and biogeography of the butterfly genus Leptotes (Lepidoptera: Lycaenidae)
PAPP MAREŠOVÁ, Jana
V této práci jsme se zabývali fylogenetickými a biogeografickými vztahy opomíjených motýlů subtribu Leptotina (Lepidoptera: Lycaenidae), který je široce rozšířen v tropických a subtropických oblastech celého světa. Použili jsme jak mitochondriální tak nukleární markery a různé molekulární analýzy, abychom odhalili vztahy v rámci tohoto subtribu. Také jsme se zaměřili na časy diverzifikace a biogeografické patrnosti taxonů Starého světa a zabývali jsme se detailní fylogeografií nejrozšířenějšího druhu, Leptotes pirithous.
|
|
|
Selected factors affecting species and genetic diversity of oribatid mites (Acari: Oribatida) in Central Europe
GALICOVÁ, Petra
V první části disertační práce jsme se zabývali vlivem přirozené disturbance a následně aplikovaného managementu (přirozená regenerace vs. asanační těžba) na společenstva pancířníků ve smrkovém lese v Národním parku Šumava. Z našich výsledků je patrné, že změny způsobené těžbou poškozených stromů po přírodní disturbanci jsou patrné i po více než 15ti letech, alespoň ve společenstvech pancířníků. Ve druhé části jsou představeny výsledky fylogeografické studie dvou příbuzných druhů pancířníků. Kromě toho, že byly zdokumentovány zcela rozdílné fylogeografické vzory v populacích těchto druhů napříč střední Evropou, byl také objeven jeden nový druh. Jeho morfologický popis a fylogenetické zařazení v rámci rodu je prezentováno ve třetí části práce.
|
|
|
Kolonizace Střední Evropy bentickým sladkovodním korýšem Asellus aquaticus (Isopoda, Crustacea)
Střížek, Antonín ; Sacherová, Veronika (vedoucí práce) ; Špaček, Jan (oponent)
Dlouhodobé klimatické změny, jsou pevnou součástí vývoje planety Země. V několika posledních miliónech let znamenalo střídání glaciálů a interglaciálů stejně běžný a pravidelný proces jako je střídání dne a noci, nebo jara a zimy. Stejně významně také tyto cykly ovlivňují vývoj přírody na Zemi. I když se nám v průběhu několika uplynulých lidských generací zdá stav přírody stabilním, realita v dlouhodobém je měřítku podstatně jiná. Během těchto cyklů se významně měnila poloha podnebních pásů, velikost ledovců, pouští, savan, stepí či deštných pralesů. Ogranizmy měnily polohy svých areálů rozšíření, mnoho dnes široce rozšířených druhů bylo zatlačeno do izolovaných lokálních populací. Tato diplomová práce odhaluje dopad glaciálních cyklů na drobného sladkovodního korýše berušku vodní (Asellus aquaticus). Vysoce variabilní mitochondriální gen COI byl osekvenován u 139 jedinců tohoto druhu z 62 lokalit střední Evropy. Tato data byla doplněna do širšího rámce již známé fylogeografické struktury celého kontinentu. Beruška vodní na území České republiky vykazuje poměrně vysokou míru genetické heterogenity (maximální objevená nukleotidová divergence dosahuje hodnoty 0,132 a průměrna hodnota je 0,016). Na území České republiky se vyskytují zástupci dvou hlavních evropských genealogických linií, které se od...
|
|
|
Taxonomická revize rodu Anisus v České republice (Mollusca: Planorbidae)
Zavoral, Tomáš ; Juřičková, Lucie (vedoucí práce) ; Beran, Luboš (oponent)
Tato práce je kritickou revizí anatomických a morfologických znaků dosud používaných k determinaci jednotlivých středoevropských druhů rodu Anisus a jejich konfrontací se znaky molekulárními. Pro molekulární analýzu byly použity mitochondriální geny pro 16S rRNA a cytochrom c oxidázu - podjednotku I (COI). Analýza DNA prokázala, že dosud uznávané druhy vyskytující se na území České republiky tvoří dobře odlišitelné genetické linie. Následnou revizí anatomických znaků těchto linií bylo zjištěno, že tyto znaky nejsou díky své variabilitě pro determinaci vhodné, zvlášť to platí pro rozlišování druhů A. spirorbis a A. leucostoma. Vhodnějšími se ukázaly znaky konchologické, nově se osvědčil především poměr velikosti posledního a předposledního závitu. Pomocí toho znaku se dají bezpečně determinovat i populace, v jejichž rámci se objevují formy přechodné v ostatních morfologických i anatomických znacích.
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
|
|
Variabilita mitochondriální DNA ve vztahu k druhové identifikaci živočichů
Suchá, Františka
Mezi významné nástroje pro identifikaci živočichů patří molekulárně-genetické metody, zejména DNA barcoding. Tato práce si kladla za cíl popsat metody DNA barcodingu, zejména metody amplifikace genu cytochromoxidázy I (COI). Tyto metody byly poté využity pro identifikaci a sledování rozdílů mezi konkrétními příklady druhů z jednotlivých taxonomických skupin. K tomuto účelu byly shromážděny vzorky hmyzu z Brna a okolí a také vzorky chlupů z několika vybraných druhů domácích zvířat. Z těchto vzorků se izolovala DNA, ze které byl následně amplifikován úsek genu pro cytochromoxidázu I (COI) metodou PCR. Pro tyto účely byly použity primery LCO1490/HCO2198. Poté následovalo sekvenování a srovnání výsledků sekvenování s referenčními sekvencemi v databázích. Ze všech 40 vzorků se podařilo amplifikovat 32 vzorků, amplifikace selhala pouze u vzorků koňských žíní. Amplifikované fragmenty byly úspěšně sekvenovány a všechny sekvence se podařilo přiřadit k referenčním sekvencím v databázích.
|
|
|
Molekulární markery pro detekci genetické variability přírodních populací forenzně významných druhů bzučivkovitých (Calliphoridae, Diptera)
KLOJDOVÁ, Martina
Tato práce byla zaměřena na výběr molekulárních markerů pro detekci genetické variability 4 různých druhů z čeledi Calliphoridae významných pro forenzní entomologii. Na vzorky z přirozených populací reprezentativních druhů typických pro Českou republiku (Calliphora vicina, Lucilia caesar, Lucilia sericata, Phormia regina) byla aplikována sada 8 markerů, mitochondriálních (COI, ND6, CytB, CR) i jaderných (RP S12, RP S13, RP L12, PB2). Zjištěná variabilita byla vyhodnocena a porovnána s ohledem jak na jednotlivé druhy tak i geografický původ.
|
|
|
Genetická struktura a původ středoevropských populací listonoha jarního Lepidurus apus (Crustacea: Notostraca)
Vopařilová, Lucie ; Sacherová, Veronika (vedoucí práce) ; Merta, Lukáš (oponent)
Sladkovodní bezobratlí živočichové a zejména obývající dočasné vody jsou vhodnými modelovými organismy pro studium jejich šíření v jejich fragmentovaném prostředí. Listonoh Lepidurus apus (Notostraca) se vyskytuje pouze v tzv. jarních tůních, které se vytvářejí v nivách velkých řek. Tato diplomová práce se zaměřuje na zjištění genetické variability a struktury středoevropských populací L. apus. Na základě analýzy mitochondriálního genu pro COI u celkem 45 jedinců převážně z populací na území České republiky bylo zjištěno, že všichni jedinci ze středoevropských populací patří do poddruhu L. apus apus a že úroveň genetické variability a struktury těchto populací je poměrně nízká (v průměru 0,2 %). Zjištěné výsledky jsou porovnávány s jinými zástupci řádu Notostraca, ale také s českými populacemi dalšího druhu typického pro jarní tůně, tj. žábronožkou sněžní (Eubranchipus grubii, Anostraca) a také jsou diskutovány možné příčiny takto nízkých hodnot.
|
|
|
Genetic and Morphological Variability of the European Genus Cochlodina (Mollusca: Gastropoda: Clausiliidae) with Focus on Species C. laminata (Montagu, 1803)
Szalontayová, Veronika ; Juřičková, Lucie (vedoucí práce) ; Drozd, Anna (oponent)
Tato práce se zaměřuje na genetickou a morfologickou diverzitu vřetenovky hladké (Cochlodina laminata). Zatímco většina druhů patřících do rodu Cochlodina je typická svými malými areály rozšíření, areál C. laminata pokrývá většinu Evropy, vyjma jejích nejteplejších a nejchladnějších částí. Již drive zazněly názory, že tento taxon není pouze jedním druhem, ale že by mohlo jít o komplex několika druhů. Předchozí studie také upozornily na velkou, avšak zatím nepopsanou, diverzitu jak na genetické úrovni, tak i v morfologii. Pro studium diversity byly použity dva mitochondriální geny (16S rDNA, COI) a bylo hodnoceno třináct morfologických znaků. Zjistila jsem, že druh C. laminata v současném pojetí jediného druhu neodpovídá zjištěné genetické ani morfologické variabilitě. Původní druhy C. laminata/C. dubiosa vytvářejí společný druhový complex a rovněž klasické pojetí druhu C. fimbriata bude třeba podrobněji zhodnotit.Ostatní středoevropské druhy rodu Cochlodina jsou validními druhy.
|
|
|
Genetická diverzita vodních plžů Aplexa hypnorum a Anisus vorticulus v rámci střední Evropy
Buďová, Jana ; Černý, Martin (vedoucí práce) ; Štefka, Jan (oponent)
Předmětem mé práce bylo shrnutí genetické variability sladkovodních plžů periodických tůní. Modelovými druhy byla ubývající levotočka bažinná (Aplexa hypnorum) a kriticky ohrožený svinutec tenký (Anisus vorticulus). Genetická variabilita byla zkoumána pomocí dvou mitochondriálních a dvo jaderných markerů. Rozložení genetické variability na genu COI u levotočky bažinné odpovídá různým povodím. Ostatní genetické markery (16S, ITS) však tento trend nepotvrdily. Příčiny tohoto nesouladu mezi různými markery jsou diskutovány několika různými způsoby zahrnujícími možné historické scénáře vývoje populací levotočky, ale i možné chyby laboratorních metod. V této studii byla zaznamenána obecně malá úspěšnost amplifikace, jejím nejpravděpodobnějším důvodem je inhibiční vliv mukusu plžů na amplifikaci DNA. Dalším problémem, který při této práci nastal, bylo získání sekvence parazita (motolice) místo genu svinutce, i za použití primerů specifických pro plže. Kromě genetické a související metodické části má tato práce i třetí část zabývající se vyhodnocením environmentálních faktorů periodických tůní v přítomnosti a nepřítomnosti studovaných druhů a čtvrtou část zabývající se fylogenetickou analýzou evropských a amerických linií levotoček. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.